Le socle génétique du cheval moldave remonte à l'Antiquité et au début du Moyen Âge, avec l'apport des chevaux des peuples migrateurs (Scythes, Sarmates). Cependant, c'est l'influence des chevaux de type Tarpan et des montures des cavaleries tatares et mongoles qui a forgé sa première identité.

Au XIVe siècle, lors de la formation de la Principauté de Moldavie, le cheptel local était constitué de chevaux de petite taille, extrêmement rustiques, capables de survivre avec un fourrage pauvre et de parcourir des distances considérables dans les steppes et les collines.

Sous le règne de Stefan cel Mare (Étienne le Grand) au XVe siècle, le cheval moldave acquiert une renommée internationale. À cette époque, la Moldavie était une puissance militaire majeure qui s'opposait à l'Empire ottoman.

Les chevaux moldaves de cette période étaient réputés pour être « légers, vifs et pleins de feu ». Ils étaient prisés non seulement pour la guerre, mais aussi comme monnaie d'échange diplomatique.

Les chroniques de l'époque rapportent que les chevaux moldaves étaient exportés en grand nombre vers la Pologne, la Hongrie et même l'Empire ottoman pour améliorer les lignées de cavalerie. Le « Cheval de Moldavie » était alors synonyme de fiabilité et de vitesse.

Pendant la période de suzeraineté ottomane, le cheval moldave a subi une infusion massive de sang Arabe et Barbe. Les dignitaires turcs et les princes phanariotes introduisirent des étalons orientaux pour affiner la silhouette du cheval local. Cette période a transformé le petit cheval de steppe en un animal plus élégant, tout en conservant la robustesse héritée de ses ancêtres.

En Bessarabie (actuelle Rép. de Moldavie) : Sous l'administration de l'Empire russe (après 1812), le cheval moldave est croisé avec l'Orlov Trotter et le cheval du Don. L'objectif était de créer un cheval plus grand pour l'artillerie et le transport lourd.

En Moldavie Occidentale (Roumanie) : L'influence des haras austro-hongrois (comme celui de Rădăuți) favorise l'apport de sang Hucul et Lipizzan, orientant le cheval vers les besoins de la montagne.

Au cours du XXe siècle, particulièrement durant l'ère soviétique en République de Moldavie, l'élevage s'est rationalisé. Les haras d'État, comme celui de Ceadîr-Lunga, ont été créés pour stabiliser des types de chevaux adaptés à l'agriculture et aux sports équestres.

La race a cependant souffert de la mécanisation intensive, qui a rendu le cheval de travail moins indispensable, et de la dissolution de l'URSS, qui a entraîné une période d'instabilité pour les structures d'élevage nationales.

Aujourd'hui, le « Cheval Moldave » ne désigne plus une race unique au sens moderne (comme le Pur-sang), mais plutôt un ensemble de populations équines locales issues de ce riche passé. Des efforts sont en cours, tant en République de Moldavie qu'en Roumanie, pour identifier et préserver les lignées ancestrales qui portent encore les gènes de robustesse et de tempérament qui faisaient la fierté des princes moldaves du Moyen Âge.