En ce qui concerne ses origines, elles sont presque aussi lointaines qu'incertaines. Ce qui est certains c'est de la présence chevaux auprès des nomades de la steppe asiatique centrale depuis 2000 ans avant notre ère. Le Mongol a la plus grande variété génétique, que la plupart des autres races de chevaux. Cette particularité indique clairement qu'il s'agit d'une race proche des chevaux primitifs qui a été préservé de part son élevage, de la sélection de l'homme au cours de son évolution.
Le Mongol est très connu pour le rôle qu'il a joué comme cheval de guerre de Gengis Khan au cours du XIIème siècle. Il était non seulement un moyen de transport indispensable, mais aussi une source de nourriture et de vêtements. Le seul inconvénient rencontré avec lui durant cette période était sa lenteur par rapport à d'autres races sur les champs de bataille.
Parmi les animaux domestiques en Mongolie, le Mongol est celui qui tient la plus grande place, car il est un symbole de prestige, en effet, un nomade qui possède de nombreux chevaux, est vu comme une personne riche. Contrairement a la plupart des pays, le cheval Mongol ne reçoit pas de nom, il est simplement identifié par ses caractéristiques morphologiques ou celles de son pelage.
Son effectif d'environ 3 millions d'individus et sa pureté génétique pourrait laissé pensé que cette race possède un Stud-book et une association de race. Cela n'est pas le cas, seul l'homme et mère nature sont les conservateurs émérites du Mongol.