Race très populaire aux États Unis, présente aussi dans une dizaine de pays dans le monde, le Morgan est le descendant direct d'un étalon d'exception dont on ignore totalement les origines et qui a transmis ses gènes aux poulains des juments locales qu'il a sailli.

Son histoire commence avec Justin Morgan, un enseignant, compositeur, homme d'affaires et cavalier, lorsqu'il arriva à Randolph dans le Vermont en provenance de Springfield dans le Massachusetts. Il fit l'acquisition d'un poulain bai, né en 1789, qu'il nomma « Figure ». Comme il était d'usage à l'époque, cet étalon fut connu, non pas avec son nom officiel, mais sous celui de son propriétaire, soit le cheval « Justin Morgan ». C'est grâce à « Figure », que la race va être créée, car il en deviendra le père fondateur.

Il a probablement été engendré par True Briton, un cheval réputé pour son excellence et populaire en tant que reproducteur de qualité. Quant à sa mère, elle était de d'origine Wild-air, de couleur bai clair, dont la capacité à distancer et même de surpasser les autres chevaux était légendaire. Pour cette raison, elle était souvent sollicitée, notamment dans la « Connecticut River Valley ». Mais sa particularité la plus attractive était de transmettre ses caractéristiques, à sa progéniture directe, mais aussi aux générations suivantes.

Quand « Justin Morgan » est décédé, « Figure » a été élevé par d'autres propriétaires, et après avoir passé sa vie à travailler, il mourut en 1821 à la suite d'une blessure non traitée. Fort heureusement pour le Morgan, ses trois fils les plus célèbres, « Sherman », « Bulrush » et « Woodbury », sont parvenus à transmettre son héritage aux générations futures de la race.

Le Morgan rencontre quelques difficultés auprès de détracteurs qui avancent qu'il n'y a pas eu assez de générations pour qu'il soit considéré comme une race, même si la transmission entre les générations reste stable et de qualité. Quoiqu'il en soit, ses effectifs parlent d'eux mêmes, puisqu'au dernier recensement, on comptait plus de 179 000 individus répartis aux États Unis et dans plusieurs pays à travers le monde.