L'origine du Morna remonte aux chevaux indigènes de la vallée de l'Indus, croisés au fil des siècles avec des apports de sang persan, arabe et d'Asie centrale. Historiquement, le Morna appartient à la catégorie des chevaux dits « Desi » (locaux), mais il a été distingué très tôt par une sélection rigoureuse effectuée par les tribus guerrières du Pakistan actuel.

Contrairement aux races européennes standardisées au XIXe siècle, l'histoire du Morna s'est écrite à travers les traditions orales des Mirasis (généalogistes traditionnels), qui mémorisaient les lignées sur plusieurs générations pour le compte des chefs de clans.

Dans l'histoire pakistanaise, posséder un cheval de lignée Morna était un signe de haute distinction sociale. Ce cheval était le compagnon des chefs de guerre. Sa sélection historique ne portait pas uniquement sur la beauté, mais sur des critères de survie et de combat :

La bravoure : Le cheval devait rester calme au milieu du fracas des batailles.

L'agilité : Capable de pivotements rapides pour les duels au sabre.

La fidélité : La légende locale raconte que les chevaux Morna étaient capables de ramener leur cavalier blessé au campement sans aucune direction.

Avec la pacification des régions et l'ère coloniale, l'histoire du Morna a pris un tournant sportif unique : le Nezabazi (le sport national du « Tent Pegging » ou piqué de tente). C'est ici que la lignée Morna a bâti sa légende moderne.

Au cours du XXe siècle, les éleveurs du Pendjab ont affiné la race pour ce sport extrême qui exige une accélération foudroyante et une précision absolue. Le Morna est devenu le cheval de prédilection des clubs de Nezabazi, sa morphologie légère et son tempérament explosif étant parfaitement adaptés à cette discipline où le cavalier doit déterrer une cheville de bois avec une lance à pleine galop.

L'histoire du Morna est ponctuée par des étalons dont les noms sont encore prononcés avec respect dans les foires équestres comme celle de Jhang ou de Sargodha. Ces étalons « fondateurs » de lignées spécifiques ont souvent été offerts comme cadeaux diplomatiques entre chefs de tribus ou récompensés par des titres honorifiques.

Le Morna partage une parenté historique avec le Marwari de l'Inde voisine (notamment par ses oreilles incurvées en forme de lyre), mais l'histoire politique et la partition de 1947 ont conduit à une séparation nette des programmes d'élevage, le Pakistan se concentrant sur le Morna comme un athlète de vitesse et de courage pour les jeux ruraux.

À la fin du XXe siècle, la mécanisation et l'introduction de races de sport étrangères ont menacé la pureté de la lignée Morna. Cependant, un renouveau du nationalisme culturel au Pakistan a permis de sauvegarder la race.

Des passionnés et des structures d'État ont entrepris de recenser les lignées pures pour éviter que ce patrimoine, autrefois transmis uniquement par la mémoire des anciens, ne disparaisse.