Race précieuse et possédant une endurance inhabituelle, le Morocco Spotted Horse est issu du croisement de chevaux importés aux États Unis au cours de l'année 1908. Les races utilisées étaient le Barbe du Maroc, pour la l'endurance et la vitesse, le Hackney du Royaume Uni et sans doute le French Coach, ou l'Anglo Arabe, pour le style, la taille et la finesse.

L'élevage s'est poursuivi de la même manière pendant quelques temps, jusqu'à l'infusion du Saddlebred et de l'Arabe, créant plusieurs types de représentants chez la race.

Le registre officiel du Morocco Spotted Horse été créé pour la première fois en 1935 dans le centre de l'Iowa sous le nom de « Iowa Spotted Horse Association ». Rapidement l'appellation a changé pour devenir « Morocco Spotted Horse Association » et enfin, en mars 1939, elle se nommera la « Morocco Spotted Horse Cooperative Association of America ».

Considérée comme éteinte jusqu'en 2007, où des individus de la race ont été retrouvés lors du sauvetage, par la « Frontier Ranch » dans le Nevada, de chevaux abandonnés et négligés dans le Missouri. Parmi eux, se trouvaient le Morocco Spotted Horse, une petite trentaine, ainsi qu'une vingtaine de chevaux appartenant à une lignée particulière du Morgan portant une robe nommée « War Paint ».

L'association a repris ses activités dans le but de sauver le Morocco Spotted Horse de l'extinction totale, et aussi, de permettre l'enregistrement de différents croisements avec d'autres races de type similaire, à condition, bien entendu, que les chevaux enregistrés suivent le standard établi sur la race.

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