L'origine du Morochuco remonte aux chevaux introduits au Pérou par les Espagnols lors de la conquête de l'Empire Inca. Ces chevaux étaient principalement d'origine barbe et andalouse, réputés pour leur endurance et leur maniabilité.

Le tournant historique se produit après la bataille de Chupas en 1542, près de Huamanga (actuelle Ayacucho). Les partisans de Diego de Almagro el Mozo, après leur défaite contre les troupes royales, se réfugièrent dans les hautes steppes désolées de la Pampa de la Quinua et de Cangallo.

Ces cavaliers espagnols s'établirent définitivement sur ces terres situées à plus de 3 000 mètres d'altitude, s'unissant aux populations locales. Leurs chevaux, isolés du reste du pays, devinrent les ancêtres du Morochuco.

L'histoire du Morochuco est un cas d'école de sélection naturelle. Durant près de quatre siècles, ces chevaux ont vécu en semi-liberté dans des conditions extrêmes :

Hypoxie : Le manque d'oxygène à haute altitude a forcé la race à développer une cage thoracique plus large et un système cardiovasculaire exceptionnellement performant.

Climat : Les températures glaciales et les vents violents ont favorisé les individus de petite taille, plus robustes et dotés d'un pelage dense.

Terrain : Le sol rocailleux et escarpé des Andes a forgé des sabots d'une dureté comparable à la pierre et un équilibre infaillible.

C'est ce processus qui a différencié le Morochuco de son cousin plus célèbre, le Paso Péruvien. Tandis que ce dernier était sélectionné pour le confort et l'élégance dans les vallées côtières, le Morochuco était forgé pour la survie pure sur les sommets.

Le Morochuco est entré dans la légende nationale lors des guerres d'indépendance du Pérou contre la couronne espagnole. Les cavaliers Morochucos de la région de Cangallo, menés par le chef légendaire Basilio Auqui, formèrent une cavalerie irrégulière redoutable.

Grâce à la vélocité et à la rusticité de leurs montures, ils harcelaient les troupes royalistes par des tactiques de guérilla, disparaissant dans les sommets inaccessibles où les chevaux européens classiques ne pouvaient les suivre. Ils ont joué un rôle décisif lors de la bataille d'Ayacucho (1824), qui scella l'indépendance de l'Amérique du Sud.

Au cours du XXe siècle, le Morochuco est resté le compagnon indispensable des éleveurs de bétail de la région d'Ayacucho. Son histoire est célébrée chaque année lors des fêtes traditionnelles, où les cavaliers démontrent l'agilité de leurs montures dans des courses effrénées sur les pentes abruptes.

Bien que la race ait parfois subi des croisements incontrôlés avec d'autres chevaux de selle, un effort de préservation a été entrepris pour maintenir ce phénotype unique qui ne peut exister que dans l'air rare des Andes.