L'histoire du cheval Moussey s'inscrit dans la grande épopée des chevaux d'Afrique de l'Ouest et centrale. Bien que ses racines précises soient enveloppées de légendes, les historiens et zootechniciens s'accordent sur une origine liée aux chevaux de type Barbe, introduits dans la région du Lac Tchad par les courants commerciaux transsahariens et les migrations de populations venues du Nord.

Cependant, contrairement aux grands chevaux des empires soudanais, le Moussey s'est différencié par sa petite taille. Isolé dans les plaines d'inondation du Logone, il a subi une adaptation naturelle (ou sélection par le milieu) pour devenir ce que l'on appelle souvent un « poney du Logone ».

Plus petit et plus rustique, il est devenu capable de survivre là où les grands chevaux de guerre succombaient aux maladies tropicales.

La race tire son nom du peuple Moussey, une ethnie de la région qui a su préserver son identité face aux grandes vagues de conquêtes (notamment les expansions des royaumes Peuls et du Kanem-Bornou).

Historiquement, le cheval était l'instrument de la résistance. Les guerriers Moussey étaient réputés pour leur cavalerie légère et agile.

Contrairement aux cavaleries lourdes des émirats voisins, les Moussey utilisaient leurs petits chevaux pour des raids rapides et des manœuvres dans les zones marécageuses. Le cheval Moussey était alors un symbole de liberté et d'indépendance pour ce peuple qui refusait la soumission aux grands empires centralisés.

Au-delà de la guerre, l'histoire du cheval Moussey est intimement liée au tissu social de la vallée du Logone. Au XIXe siècle, le cheval n'était pas un simple outil de transport, mais une composante essentielle de la dot et des rites de passage.

Posséder un cheval Moussey était une marque de virilité et de richesse. Les chroniques locales rapportent que lors des grandes cérémonies, les chefs exhibaient leurs montures parées de harnachements colorés, perpétuant une tradition de « noblesse chevaleresque » au cœur de l'Afrique centrale.

Cette culture du cheval a permis de maintenir la pureté de la race, les éleveurs refusant de croiser leurs bêtes avec des chevaux étrangers moins adaptés à leur climat.

Au XXe siècle, avec la colonisation et la pacification de la région, l'usage militaire du cheval Moussey a disparu au profit de l'agriculture et du prestige. Cependant, la race a dû faire face à d'importants défis : les épizooties (notamment la maladie du sommeil transmise par la mouche tsé-tsé) et la concurrence des moyens de transport motorisés.

Malgré cela, le cheval Moussey est resté une figure centrale du patrimoine camerounais. Il est aujourd'hui le protagoniste des « Fantasias » et des festivals culturels de l'Extrême-Nord du Cameroun, où il rappelle le passé glorieux des cavaliers du Logone.