Originaire de la région de Puglia, ou Pouilles en français, en Italie, d'où son nom de « Cheval des Pouilles » le Murgèse, qui descend du Napolitain, est issu du croisement entre le Barbe, l'Arabe et des chevaux ibériques, et plus tard, a été influencé par un apport du Pur Sang.

Au cours du XVème et XVIème siècle, la race était particulièrement populaire dans la cavalerie italienne et aussi pour les travaux agricoles, puisqu'à l'époque, sa morphologie se rapprochait plus d'un cheval de trait léger. Le modèle actuel a été développé en 1926 à la ferme d'élevage de Foggial, à l'initiative du ministère de l'agriculture et de l'Institut de développement hippique, ou « Istituto Incremento Ippico », qui se nommait à l'époque « Regio Deposito Stalloni de Foggia ». La sélection qui va s'opérer sur le Mugèse va installer une uniformité de la race, notamment grâce à la contribution de trois étalons qui sont Nerone, Granduca et Araldo Delle Murge.

L'année 1948 sera celle de la création de la première association nommée « l'Associazione Allevatori del Cavallo delle Murge e dell'Asino di Martina Franca », ou association nationale des éleveurs de chevaux de la Murge et de l'âne de Martina Franca en français, mais elle aura beaucoup de difficultés à faire évoluer la race. L'impulsion sera donnée plus tard, en 1987, lorsque des éleveurs de Murge vont faire le tour d'Italie pour le promouvoir.

Afin d'unifier l'élevage de la race l'« Associazione Nazionale Allevatori del Cavallo delle Murge e dell'Asino di Martina Franca » est fondée en 1990, et le livre généalogique sera établie le 8 octobre 2008.

Grâce à la prévoyance des membres fondateurs, le Murgèse a toujours été préservé des croisements et a bénéficié d'une sélection stricte, ce qui en fait la race italienne la plus pure. L'association indique qu'au dernier recensement le Murgèse avait un effectif de plus de 1500 individus et continue sa progression.

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