Bien que les ancêtres du cheval soient nés en Amérique du Nord, ils y avaient disparu il y a environ 10 000 ans. L’histoire du Mustang commence avec l'arrivée des Conquistadors espagnols au début du XVIe siècle.

Les chevaux introduits par Cortés et ses successeurs étaient des chevaux de type ibérique (Andalous, Barbes, Genêts d'Espagne). Au fil des expéditions et des révoltes (comme la révolte Pueblo de 1680), de nombreux chevaux s'échappèrent ou furent capturés, formant les premiers noyaux de hardes sauvages dans les plaines.

Le mot « Mustang » dérive de l'espagnol « mesteño », qui désignait les animaux errants ou sans maître. Adaptés aux vastes espaces des Grandes Plaines, ces chevaux ont développé une rusticité extrême. Libérés de la sélection humaine, ils ont été façonnés par la sélection naturelle, devenant plus petits, plus robustes et dotés d'un instinct de survie exceptionnel.

Aux XVIIe et XVIIIe siècles, la capture et l'utilisation des Mustangs par les tribus amérindiennes (Comanches, Cheyennes, Nez-Percés, Pawnees) ont radicalement transformé la culture des Plaines. Le Mustang est devenu le pivot de leur économie, de leur mobilité et de leur art de la guerre.

Cette période a marqué l'apogée du Mustang, dont les effectifs ont atteint plusieurs millions d'individus.

Avec l'expansion des colons vers l'Ouest, les hardes de Mustangs ont intégré de nouveaux gènes. Des chevaux de trait, des Pur-sang anglais et des chevaux de selle abandonnés ou perdus par les pionniers se sont mêlés aux souches ibériques d'origine. C'est ce mélange qui a donné au Mustang sa grande diversité de robes et de formats, tout en diluant parfois ses caractéristiques espagnoles primitives.

À la fin du XIXe siècle, les Mustangs ont commencé à être perçus comme des concurrents pour le bétail des éleveurs de bovins.

Les Massacres : Des campagnes d'extermination massives ont eu lieu au début du XXe siècle, réduisant la population de plusieurs millions à seulement quelques dizaines de milliers.

Le combat de « Wild Horse Annie » : Dans les années 1950, Velma Johnston s'est battue pour la protection de ces animaux. Son action a mené au « Wild and Free-Roaming Horses and Burros Act » de 1971, signé par le président Richard Nixon. Cette loi fédérale a déclaré le Mustang comme « symbole vivant de l'esprit historique et pionnier de l'Ouest ».

Depuis 1971, les Mustangs sont gérés par le Bureau of Land Management (BLM). L'histoire moderne du Mustang est marquée par le débat constant entre la préservation des hardes sauvages et la nécessité de réguler leur population pour éviter la dégradation des sols et la famine, notamment par le biais de programmes d'adoption.