L'histoire du poney de Mytilène remonte à l'Antiquité. Les preuves archéologiques suggèrent que de petits chevaux étaient déjà présents dans la région il y a plus de 2 500 ans. On pense que ses ancêtres lointains sont liés aux chevaux des Scythes, ces cavaliers nomades d'Eurasie dont les montures étaient réputées pour leur petite taille et leur endurance légendaire.

Au fil des siècles, ces chevaux se sont adaptés au climat méditerranéen sec et aux terrains escarpés et volcaniques de l'île de Mytilène et de la région d'Ayvalık en Turquie. L'isolement géographique a permis de fixer les caractéristiques d'une race de petite taille, mais d'une force disproportionnée.

Durant la période ottomane, la race a connu un développement important. Le terme turc « Midilli », qui signifie aujourd'hui « poney » en turc moderne, tire son origine directe du nom de l'île de Mytilène.

À cette époque, les échanges entre l'île et le continent (la Turquie actuelle) étaient constants. Les poneys étaient utilisés pour :

Le commerce : Ils transportaient l'huile d'olive, le savon et les produits agricoles sur les sentiers montagneux.

Les mines : Leur petite taille et leur robustesse les rendaient indispensables pour le travail dans les galeries minières de la région.

L'armée : Bien que trop petits pour la charge de cavalerie lourde, ils servaient au transport de munitions et de vivres dans les zones escarpées.

C’est également durant cette période que la race a reçu quelques apports de sang Oriental (Arabe et Turkmène), affinant sa silhouette sans perdre sa rusticité originelle.

Le XXe siècle a été marqué par de profonds changements géopolitiques (notamment les échanges de populations entre la Grèce et la Turquie dans les années 1920) et technologiques.

La Motorisation : L'arrivée des tracteurs et des camions a soudainement rendu le poney de Mytilène « obsolète » pour le transport lourd.

La Séparation : La race s'est trouvée scindée en deux populations distinctes, l'une sur l'île grecque de Lesbos et l'autre sur la côte turque (régions d'Ayvalık et d'Izmir). En Turquie, le nom « Midilli » a fini par désigner n'importe quel poney, rendant la traçabilité de la race originelle plus difficile.

Dans les années 1990 et 2000, un regain d'intérêt pour la biodiversité a permis de redécouvrir le poney de Mytilène. Des passionnés et des scientifiques en Turquie et en Grèce ont réalisé que ce petit cheval représentait un patrimoine génétique unique, capable de survivre avec très peu de ressources tout en conservant une santé de fer.

Aujourd'hui, des efforts sont faits pour recenser les derniers individus « purs », caractérisés par leur taille ne dépassant pas 1,20 m, leurs membres solides et leur tempérament vif.