Au cours de l'ère Meiji (1868-1912), le gouvernement japonais a voulu augmenter la taille des chevaux pour sa cavalerie moderne. Le Nanbu a été massivement croisé avec des races occidentales (Pur-sang, Arabes, et chevaux de trait français comme le Percheron). Ce processus a été si total que la lignée pure du Nanbu a cessé d'exister, absorbée par ce que l'on appelle aujourd'hui les « chevaux de sport ou de trait japonais ».

Il n'existe aucun élevage de cheval Nanbu pur dans le monde. Il s'agit d'une race patrimoniale dont le sang coule encore dans certaines populations locales (comme les chevaux Kandachime du cap Shiriya), mais le « standard » d'origine n'est plus élevé de manière autonome.

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