L'origine du Napolitain remonte à l'Antiquité, dans les plaines de Campanie et des Pouilles. La race est le fruit d'un brassage génétique complexe entre les chevaux indigènes italiens, les chevaux grecs, et surtout les apports de chevaux Barbes et Turcomans introduits lors des différentes dominations (notamment arabo-normande et espagnole).

Sous la dynastie d'Aragon au XVe siècle, l'élevage prend une dimension aristocratique. Les rois de Naples sélectionnent des chevaux dotés d'une morphologie puissante mais élégante, capables de briller tant sur les champs de bataille que dans les parades urbaines.

C'est durant la Renaissance que le Napolitain acquiert sa renommée mondiale. Naples devient alors le centre de la science équestre européenne.

La Naissance de la Haute École : Des maîtres comme Federico Grisone (fondateur de la première académie d'équitation en 1532) et Giovan Battista Pignatelli ont utilisé exclusivement le Napolitain pour développer les principes de l'équitation classique. La docilité, l'agilité et le port de tête de la race en faisaient l'outil parfait pour les airs relevés (piaffer, passage, courbette).

Symbole de Statut : Posséder un « Napoletano » était un impératif pour les monarques européens. Il était exporté à prix d'or dans toutes les cours, de Paris à Vienne.

L'histoire du cheval Napolitain ne s'arrête pas aux frontières de l'Italie ; il est le père de nombreuses races célèbres.

Le Lipizzan : Deux des lignées fondatrices des Lipizzans de l'École Espagnole de Vienne, Conversano et Neapolitano, sont issues d'étalons napolitains de race pure.

Autres Races : Il a contribué de manière décisive à la création du Kladruber (République Tchèque), du Hanovrien (Allemagne) et a influencé le Pure Race Espagnole et le Lusitanien.

Les Guerres Napoléoniennes : Le démantèlement du Royaume de Naples et les réquisitions militaires ont dispersé les grands haras aristocratiques.

L'Anglomanie : Au XIXe siècle, la mode bascule vers le Pur-sang anglais, privilégiant la vitesse sur les terrains de course plutôt que les prouesses de la Haute École.

L'Unification de l'Italie : Le nouveau gouvernement italien a négligé les structures d'élevage régionales du Sud au profit de chevaux militaires plus standardisés.

En 1950, la race était officiellement considérée comme éteinte, ou du moins réduite à quelques individus croisés dans les campagnes du sud de l'Italie.

À partir des années 1970 et 1980, des passionnés, dont l'éleveur Giuseppe Maresca, ont entrepris un travail de recherche historique et génétique pour retrouver les derniers descendants du Napolitain. En utilisant des individus présentant les caractéristiques archaïques (profil busqué, membres puissants, robe sombre) et en s'appuyant sur les lignées préservées dans d'autres races européennes, un programme de récupération a été lancé.

En 2003, le gouvernement italien a officiellement reconnu à nouveau le « Cheval Napolitain » comme une race protégée.