L’histoire de la race commence véritablement durant l’époque d'Edo (1603-1867). Le seigneur du domaine de Matsuyama, dans l'actuelle préfecture d'Ehime (île de Shikoku), encourageait l’élevage de chevaux pour le transport et les besoins militaires.

Dans le district de Noma, les agriculteurs reçurent des chevaux de la part du clan seigneurial. Cependant, une règle stricte fut instaurée : si un cheval dépassait une certaine taille (environ 1,21 m), il était réquisitionné par le domaine pour les besoins de la cavalerie.

Les agriculteurs furent autorisés à garder les spécimens les plus petits pour leurs propres travaux. Par une sélection involontaire mais systématique, les paysans ont favorisé la reproduction des sujets les plus compacts, créant ainsi une race de poney extrêmement robuste et petite, parfaitement adaptée aux sentiers étroits et escarpés des montagnes locales.

Au cours du XIXe siècle, le cheval Noma devient indispensable à l'économie de la région d'Imabari. Sa petite taille lui permettait de transporter de lourdes charges de charbon, de bois ou de produits agricoles sur des chemins où les chevaux plus grands ne pouvaient s'aventurer.

Sa sobriété et sa résistance aux maladies en faisaient le partenaire idéal des familles rurales modestes. On comptait alors plusieurs centaines d'individus dans la région.

Le tournant du XXe siècle faillit être fatal à la race. Sous l'ère Meiji, le gouvernement japonais, influencé par les puissances occidentales, chercha à moderniser son armée. Une loi fut promulguée interdisant l'élevage de chevaux de petite taille, jugés inutiles pour la guerre moderne.

L'objectif était de croiser toutes les races locales avec des chevaux européens pour produire des montures de grande taille. Le cheval Noma fut officiellement « banni » de l'élevage national. Cependant, grâce à l'isolement géographique de certains villages et à l'attachement des agriculteurs qui cachaient leurs poneys pour les travaux de ferme, une poignée d'individus survécut dans l'ombre.

Après la Seconde Guerre mondiale, la motorisation de l'agriculture porta le coup de grâce aux derniers chevaux de travail. En 1978, la situation était critique : il ne restait plus que six chevaux Noma sur toute la planète.

Face à cette disparition imminente, la ville d'Imabari et des passionnés locaux se mobilisèrent. Un comité de préservation fut créé en 1978, et le cheval Noma fut déclaré Monument Naturel de la ville d'Imabari en 1985, puis Monument Naturel de la préfecture d'Ehime en 1988. Des efforts de reproduction sélective furent entrepris pour stabiliser la population à partir du noyau de survivants.

Aujourd'hui, la population s'est stabilisée autour de 80 à 90 individus. Le cheval Noma n'est plus un outil de travail, mais un symbole culturel. Il est principalement élevé au « Noma-uma Highland », un parc éducatif où il sert à l'instruction des enfants et à la zoothérapie.