Issu de l'étalon fondateur Nonius Sénior, un Anglo Normand né dans le Calvados en Normandie, le Nonius a été développé de 1816 à 1822, avec les descendants du chef de race. Parmi eux, les étalons Nonius 9 et ses fils Nonius 34 et Nonius 36 ont joué un rôle décisif dans son développement. En effet, la totalité des individus existant aujourd'hui sont de la même lignée que ces derniers.

Dans les années 1840, l'uniformité de la race a été suffisante, mais le modèle était « rugueux » avec une tête plutôt disgracieuse. La reconnaissance de la race en 1850, sera saisi comme une opportunité pour améliorer le modèle, augmenter son poids corporel et sa capacité de travail. Le Nonius est alors croisé avec des races dont le Lipizzan, l'Arabe et le Turkmène.

Le nombre d'individus étant en augmentation, le cheptel élevé dans le haras de Mezohegyes a été divisé en deux groupes, un pour ceux avec une taille de moins de 1,68 mètre et un pour et ceux au dessus de cette taille. Cette classification a été maintenue jusqu'en 1945, mais n'a pas servit à grand chose puisque les étalons utilisés étaient uniformes.

Comme pour beaucoup d'autres races, les deux guerres mondiales ont causé d'énormes pertes sur l'effectif. Fort heureusement, en 1955, tant à Mezohegyes qu'à Hortobágy, le nombre de juments a été stabilisé, et il a été possible de commencer à rétablir les lignées généalogiques.

Jusque dans les années 1960 et 1970, l'excellence des juments, non seulement dans les fermes d'élevages coopératives, à Szentes et Makó, mais aussi dans les d'élevages traditionnels, dans les comtés de Békés, Csongrád, Hajdú-Bihar, Bács-Kiskun, a permis de fournir une base importante pour la sélection de la variété.

Le véritable déclin de la race a débuté lors de la réorganisation de l'élevage de chevaux hongrois en 1961. Quelques 60 juments du cheptel de Mezohegyes ont été transférées à Hortobágy. Cette mesure a provoqué de graves dommages dans les lignées, en premier lieu, car le nombre de reproducteurs à Mezohegyes était insuffisant, et en deuxième lieu, parce que ceux de Hortobágy ont eu du mal à s'adapter à leur nouvel environnement.

Le manque de débouchés, a aggravé la situation du Nonius. A cet époque les militaires ont cessé de l'employer, les travaux agricoles étaient assurés par des engins motorisés, l'équitation de loisir boudait quelques peu ce cheval aux lignes peu raffinées, et pour finir, un grand nombre d'individus ont été croisés sans aucune sélection.

Ce processus a directement conduit le Nonius vers sa chute et la diminution du cheptel en race pure n'arrangeait rien. En quelques temps, cette race si populaire, a vu son cheptel de juments passer en dessous des l000 sujets. C'est à partir de la création de la « Nonius Horse Breeding National Association » en 1989, qu'il va devenir possible de maintenir la race et de préserver sa génétique. Aujourd'hui, la base d'élevage du Nonius a considérablement changé, mais il est considéré comme en danger d'extinction. Afin de conserver ce trésor, l'UNESCO déclare le Nonius comme « héritage mondial à protéger » en 1999.