Développé en 1951 par le Département sud-africain de l'agriculture, le Nooitgedacht est issu du Basuto, un descendant du Cheval du Cap, et a plus tard été croisé avec le Boer du Cap et l'Arabe. Fruit de quarante ans d'élevage scientifique, où seulement un poulain sur quatre a été validé, pour éviter la consanguinité, il a été créé lors d'un projet de race à la station de recherche de Nooitgedachter, d'où son nom, près d'Ermelo.

Dans la continuité d'une sélection rigoureuse, huit haras distincts ont été établis dans des fermes en 1967, année au cours de laquelle l'Association des éleveurs de Nooitgedacht a été créée. Ce n'est que onze ans plus tard, que le Nooitgedacht a été officiellement reconnu par la « South African Stud-book Association » en 1976 en tant que première race indigène de cheval d'Afrique du Sud.

En 1977, le ministère de l'Agriculture cédera son haras aux enchères publiques, et donnera les rênes de la gestion du développement de la race à l'association des éleveurs. De nos jours, cette race récente compte plus d'une centaine d'éleveurs qui s'efforcent, jour après jour, d'améliorer le Nooitgedachter.

Très rare, la race avait un effectif de 876 juments, 89 hongres et 430 étalons en 2013.