Race très ancienne remontant probablement aux peuples vikings, le Nordlandshest Lyngshest était nommé depuis l'année 1968 le Nordlandhest, alors qu'il était originaire de la région de Lyngen. C'est pour cette raison qu'en 1994, son nom va changer pour devenir ce qu'il est aujourd'hui. Il serait apparenté avec le Lofoten, aujourd'hui disparu, et certains pensent que ce dernier serait son ancêtre avec le Lyngen.

Les premiers écrits sur la race ont été trouvés Lyngseidet au cours de l'année 1898. C'est seulement en 1930, quand la plupart des races du pays vivait dans les comtés du nord de la Norvège, que l'élevage va commencer à s'organiser. Mais la Seconde Guerre Mondiale va fortement bloquer son développement et va provoquer son déclin, période pendant laquelle elle va être considérablement menacée d'extinction jusque dans les années 1960.

A une époque il ne restera qu'une vingtaine de sujets encore en vie. Ce « mini » cheptel était composé de juments, d'un étalon, nommé « Rimfakse », qui est présent, génétiquement parlant, dans tous les individus de la race que l'on rencontre de nos jours. Sauvée par des passionnés, mais plus particulièrement par Christian Klefstad, qui n'ont pas compté leur heure pour rassembler les derniers survivants, le Nordlandshest Lyngshest a vu ses effectifs remonter, et en 2005, il était d'environ 3000 chevaux. Quoiqu'il en soit, la race est toujours en danger, car son effectif à une forte tendance à diminuer.

Avec environ 150 poulains nés par an, la population reproductrice active du Nordlandshest Lyngshestest très faible. De plus, un degré élevé de consanguinité a été signalé.