Développé afin d'obtenir un cheval local plus grand au Kirghizistan, à l'époque où le pays était encore sous l'autorité de l'URSS, le Nouveau Kirghiz, comme son nom l'indique, est issu du Kirghiz, qui a été croisé avec le Pur Sang, le Don et l'Anglo Don, et dans une moindre mesure avec le Kabardin et le Turmène.

Son histoire débute en 1918 quand une quarantaine d'étalons Pur sang vont être importés au haras d'Yssyk Koul en Kirghizie. Considéré comme le créateur de la race, K. Ca?kin, qui administre les haras turkestanais, prend la décision d'orienter l'élevage au moyen de croisements avec le Kirghiz local, et des chevaux à sang chaud comme le Pur sang et le Don. Il va ensuite procéder à la sélection des sujets retenus, capable de travailler dans les fermes. Mais tout le monde n'est pas forcément d'accord avec cette décision, considérant qu'il y a un manque sérieux de chevaux de « sang », et qu'au lieu de créer une nouvelle race, il serait préférable de procéder à l'amélioration du Kirghiz local.

Finalement, ils vont tous opter pour une race qui pourra permettre le développement de la production de lait et de viande, mais également qui soit capable d'être utilisée tant sous la selle qu'à l'attelage.

La race sera reconnue en 1954, année durant laquelle le Stud-book sera ouvert. Le recensement de 2014, indique un effectif de plus de 200 000 individus, le Nouveau Kirghiz est donc une race locale qui se porte bien.