L'histoire du Panje prend racine dans le patrimoine génétique des chevaux sauvages d'Europe, notamment le Tarpan. Pendant des siècles, les paysans polonais et lituaniens ont utilisé de petits chevaux robustes, descendants directs de ces chevaux de forêt.

Ces équidés étaient sélectionnés naturellement par un environnement impitoyable : hivers rigoureux, nourriture rare et sols marécageux. Ils étaient le moteur essentiel de l'agriculture rurale polonaise, capables de tirer des charrues et des charrettes tout en se contentant d'un fourrage de médiocre qualité.

Le nom « Panje » n'est pas polonais à l'origine. Il provient du mot slave « Pan » (Monsieur ou Maître).

Lors de la Première Guerre mondiale, les soldats allemands occupant les territoires polonais et russes utilisaient ce terme pour s'adresser aux fermiers locaux. Par extension, ils nommèrent les petits chevaux de ces paysans les « Panje-Pferde » (chevaux de Monsieur).

Ce qui n'était au départ qu'un terme familier allait devenir une désignation technique militaire pour un type de cheval spécifique : petit, rustique, et d'une endurance dépassant toutes les attentes des états-majors occidentaux.

C'est durant la Première et surtout la Deuxième Guerre mondiale que le Panje entre dans l'histoire militaire.

Le Choc de la Realpolitik équestre : Les armées allemandes étaient équipées de chevaux de trait lourds et de chevaux de selle raffinés. Cependant, face à la boue légendaire du front de l'Est (la Rasputitsa) et au froid extrême, ces chevaux occidentaux mouraient par milliers.

La Supériorité du Panje : Le Panje, lui, excellait. Capable de manger de l'écorce ou de la paille de toiture pour survivre, il pouvait tracter des charges sur des terrains où les camions s'enlisaient.

L'armée allemande a fini par réquisitionner et élever des milliers de Panjes, créant même des unités de transport entièrement basées sur ce petit cheval polonais. Il est devenu le lien vital pour le ravitaillement et l'évacuation des blessés dans les conditions les plus atroces de la campagne de Russie.

Après 1945, avec la mécanisation croissante de l'agriculture et de l'armée, le Panje a perdu son rôle utilitaire de masse. Cependant, son importance historique et génétique n'a pas été oubliée.

En Pologne, le type Panje a servi de base fondamentale pour la reconstruction et la stabilisation de la race Konik Polski. Les scientifiques polonais, cherchant à retrouver les caractéristiques du Tarpan disparu, ont sélectionné les individus Panje les plus proches du type originel (robe souris, raie de mulet, zébrures sur les membres).

Aujourd'hui, le Panje n'existe plus en tant que catégorie militaire, mais son sang coule dans la quasi-totalité des chevaux de travail et des poneys de type Konik en Pologne. Il est reconnu par les historiens comme l'un des facteurs ayant permis la survie des populations rurales durant les occupations successives et comme un exemple unique d'adaptation biologique à un environnement extrême.