Race qui s'est construite par un environnement difficile où seuls les plus forts ont survécu, le Pantaneiro est un descendant des chevaux amenés par les premiers colons dans l'État du Mato Grosso au Brésil. Ces derniers étaient probablement ibériques en provenance du Portugal. Parmi ses ancêtres, il y avait sans doute aussi le barbe, le Lusitanien, l'Arabe et le Criollo Argentin.

La morphologie du Pantaneiro, ainsi que quelques unes de ses caractéristiques, vont être modifiées, au cours du XXème siècle, lorsqu'il sera croisé avec l'Anglo Arabe, le Pur Sang et l'Arabe. Ces croisements l'ont rendu plus vulnérable en affectant sa résistance naturelle.

Sans doute apparenté avec le Cheval Colonial Espagnol, ou pour certains avec le cheval ibérique, le Pantaneiro va bénéficier de la mise en place d'une surveillance et d'une protection de l'élevage, suite aux croisements successifs qu'il a subit. Le Pantaneiro est géré par l'« Associação Brasileira de Criadores de Cavalo Pantaneiro » et possède son propre Stud-book depuis l'année 1972.

La race a été classée comme exotique, en raison de la réglementation du Ministère brésilien de l'agriculture, de l'élevage et de l'approvisionnement.