Résultat d'une sélection stricte basée sur des sujets possédant des allures confortables, une morphologie élégante et un bon caractère, le Paso péruvien est issu du genêt d'Espagne, du Barbe et du Pure Race Espagnole, qui sont arrivés en Amérique du Sud, lors du débarquement de Pizarro en 1535, durant la conquête espagnole.

Pendant longtemps, ces chevaux vont être employés dans des plantations où ils vont parcourir de très longues distances et dans les colonies où ils vont devoir traverser les déserts arides. Élevés en retrait, loin des autres populations équines, le Paso Péruvien, va être forgé au fil des siècles, par son environnement et son utilisation.

Comme beaucoup d'autres races, la généralisation de la mécanisation va pousser les éleveurs à délaisser le cheval en faveur de véhicules, qui vont, petit à petit, prendre sa place. Paradoxalement, c'est à la suite de cet évènement, que l'étalon fondateur de la race, nommé « Sol de Oro », va être cédé à l'éleveur Gustavo de la Borda. De plus, si dans les villes, le Paso Péruvien n'a plus de débouchés, dans les zones reculées, il continue à évoluer, car il est indispensable pour les déplacements et le transport.

Mais au cours des années 1960, les réformes agraires, qui permettent aux paysans d'obtenir des terres appartenant à autrui, vont provoquer une diminution drastique des effectifs, car les propriétés vont être divisées et les reproducteurs perdus. Sans compter, la popularité croissante de la race aux États Unis et en Amérique centrale, qui va réduire encore le nombre d'individus quand les meilleurs chevaux vont être exportés.

Pour préserver la race, un groupe d'éleveurs va fonder l'« Asociación Nacional de Criadores y Propietarios de Caballos Peruanos de Paso » suite aux avertissements donnés auparavant par de Wenceslao Rosell et Javier Larco Hoyle. Après presque trente ans d'une situation fébrile, le Paso Péruvien connaît aujourd'hui un renouveau. La consécration arrivera en 1992, quand la race sera protégée et considérée comme un symbole national.