L'histoire commence avec l'arrivée de Francisco Pizarro au Pérou en 1532. Les chevaux qu'il transporte sont le résultat du croisement de trois lignées espagnoles prestigieuses :

Le Barbe : Pour sa résistance légendaire aux climats arides.

L'Andalou : Pour sa structure puissante et son port fier.

Le Genêt d'Espagne : Une race aujourd'hui éteinte, qui possédait naturellement l'allure latérale (l'amble rompu).

Contrairement à d'autres régions des Amériques, le Pérou a maintenu ces chevaux dans un isolement relatif, permettant de fixer génétiquement ces caractéristiques sans dilution par d'autres races européennes plus tardives.

Pendant la période coloniale et post-coloniale, le Paso Péruvien est devenu l'outil indispensable des grands propriétaires terriens (hacendados). Les conditions géographiques du Pérou ont dicté la sélection naturelle et humaine :

Les distances immenses : Les propriétaires devaient parcourir des dizaines de kilomètres entre les plantations de coton et de sucre, souvent dans des sables désertiques.

Le besoin de confort : Une allure qui ne fatigue ni le cheval ni le cavalier était vitale. On a donc sélectionné les individus possédant le « Paso Llano » (quatre temps égaux) le plus fluide.

Le « Termino » : C'est durant cette période que s'est fixée cette particularité unique au monde : un mouvement de balancier vers l'extérieur des membres antérieurs, rappelant le geste d'un nageur, qui permet de dissiper l'énergie et d'assurer une stabilité parfaite.

Au début du XXe siècle, avec l'arrivée de l'automobile et la construction de routes, l'utilité pratique du cheval a décliné. Cependant, le coup le plus dur fut porté par la Réforme Agraire de 1969 menée par le gouvernement de Juan Velasco Alvarado.

Les grandes haciendas furent démantelées, et de nombreux élevages de prestige disparurent. Des chevaux de grande valeur génétique furent perdus ou abattus. La race n'a dû sa survie qu'à une poignée d'éleveurs passionnés et à l'exportation massive de spécimens vers les États-Unis et l'Amérique centrale, qui ont servi de « réservoirs » génétiques durant cette période sombre.

À partir des années 1980, un renouveau du sentiment national au Pérou a replacé le Paso Péruvien au centre de la culture.

1992 : Le gouvernement péruvien déclare officiellement la race comme Patrimoine Culturel de la Nation.

Protection légale : Des lois ont été promulguées pour protéger l'intégrité de la race, et le Pérou est désormais reconnu comme le seul centre d'origine mondial, régulant les standards via l'ANCPCPP (Asociación Nacional de Criadores y Propietarios de Caballos Peruanos de Paso).

Aujourd'hui, le Paso Péruvien n'est plus seulement un moyen de transport, mais une icône de l'identité péruvienne. Il est indissociable de la figure du Chalán (le cavalier traditionnel vêtu de blanc) et de la danse de la Marinera, où le cheval et la danseuse évoluent en harmonie.