Race native de la péninsule du Péloponnèse, dont les ancêtres sont apparentés au Pindos, le Pénée est issu de chevaux locaux présents dans la région probablement depuis au moins l'Antiquité, qui aurait reçu un apport de sang Arabe. Il est le fruit du croisement de ces derniers avec l'Anglo-Arabe, l'Anglo Normand et le Nonius, qui ont eu lieu dans les années 1900.

Le Pénée fait partie du groupe des chevaux des Balkans, tout comme, notamment, l'Aénos, l'Arravani et le Skyros, d'autres races grecques.

De nos jours en grand danger d'extinction, avec une petite centaine d'individus recensés, le Pénée, qui sous l'égide de l'« Hellenic National Stud-book Society », possède un Stud-book depuis 1994.