La race tire son nom du fleuve Pénée, qui traverse la plaine fertile d'Élide, une région historiquement célèbre pour l'élevage équin depuis l'Antiquité (Olympie se trouvant dans cette même zone).

Bien que la race moderne soit le résultat de croisements successifs, ses ancêtres remontent aux types de poneys balkaniques primitifs qui peuplaient la Grèce bien avant l'ère chrétienne. Les historiens suggèrent que le Pénée est le descendant direct des chevaux utilisés dans la région lors des premiers Jeux Olympiques, bien qu'il ait évolué vers un format plus compact et polyvalent au fil des siècles.

Comme beaucoup de races grecques, le Pénée a subi une transformation majeure durant la période de domination ottomane.

Apports Orientaux : Des croisements avec des chevaux de souche Arabe et Turcomane ont été introduits pour améliorer l'élégance et la vivacité de la race locale.

Fixation de l'Allure : C'est probablement durant cette période que s'est consolidée l'aptitude au « Arravani », une allure latérale en quatre temps, très prisée par les officiers et les voyageurs pour son confort exceptionnel sur les longs trajets.

Au XIXe siècle, après l'indépendance de la Grèce, le Pénée est devenu le pilier de l'économie rurale du Péloponnèse.

Polyvalence Agricole : Contrairement au poney du Pinde (plus petit et montagnard), le Pénée, plus robuste, était utilisé pour le labour, le battage des grains et le transport des produits agricoles vers les ports.

Sélection par l'Usage : Les éleveurs locaux privilégiaient les individus capables de porter de lourdes charges sous un soleil de plomb tout en conservant une allure fluide. Cela a créé un cheval d'une endurance et d'une frugalité exceptionnelles.

Mécanisation : L'arrivée du tracteur dans les plaines d'Élide a rendu le cheval de travail obsolète en une seule génération.

Croisements Incontrôlés : Pour tenter de « moderniser » la race ou produire des chevaux de sport, de nombreux étalons étrangers (souvent des Pur-sang ou des chevaux de trait légers) ont été croisés avec les juments Pénée, diluant le patrimoine génétique originel.

Exode Rural : Le départ des jeunes vers les villes a entraîné l'abandon des pratiques d'élevage traditionnelles.

Ce n'est qu'à la fin du XXe siècle que la valeur historique et génétique du Pénée a été officiellement reconnue.

1995 : La race est officiellement reconnue par le ministère grec de l'Agriculture comme une race indigène menacée.

Programmes de Conservation : Un registre généalogique (Stud-book) a été établi pour identifier les derniers spécimens « purs ». La station d'élevage de Gastouni est devenue un centre névralgique pour la préservation de la race.

Statut Actuel : Aujourd'hui, le Cheval de Pénée est classé comme « en danger critique d'extinction », avec une population mondiale estimée à quelques centaines d'individus seulement, principalement concentrés dans le Péloponnèse.