L'origine Arabe reste invérifiable, et, même s'il est vraiment intervenu aux prémisses de la race, les traces laissées par lui sont beaucoup moins importantes, que les caractéristiques développées par le Percheron, au cours des siècles, sous l'influence de son environnement.
Quoiqu'il en soit, il est incontestable que les Comtes du Perche ont croisé le cheptel local avec le cheval oriental ramené de leur dernière croisade en 1099. Ensuite, après des expéditions en Espagne, du sang espagnol, issu de chevaux de Castille, a été ajouté à la race à l'initiative de Rotrou III du Perche.
Quand le Haras du Pin, fit l'acquisition d'étalons Arabes et Barbes, ces derniers furent croisés avec les juments locales du Perche à partir de 1760, pour servir dans la cavalerie. Mais avec la suppression des haras, les reproducteurs vont être éparpillés chez les différents éleveurs privés. Alors que la souche de la race a presque disparu, à la suite des différentes guerres, le rétablissement des haras va permettre de mettre en place un nouveau travail de sélection.
Tout le monde ne valide pas cette théorie, il n'empêche que nombreux sont ceux qui pensent que c'est à l'époque où l'étalon fondateur va voir le jour en 1823 à Mauves sur Huisne en Normandie, que le Percheron va véritablement naître. Ce reproducteur serait présent dans la totalité des individus de la race qui existent aujourd'hui.
Le percheron va atteindre son pic de popularité, identique à celle du Belge, du Clydesdale et du Shire, au cours du XXème siècle. En effet, au cours de l'année 1910, l'effectif atteint en France les 32000 individus. et le Percheron s'exporte dans de nombreux pays du monde, que cela soit sur le continent américain, océanien ou européen. Un an plus tard, le Stud-book de la race en France sera fermé.
Mais, quand les années glorieuses vont être derrière lui, le Percheron va connaître des travers qui vont l'entraîner vers son déclin. Tout d'abord, la campagne de promotion pour l'hippophagie va modifier les débouchés de la race et le Percheron va souvent être élevé pour la production de viande. Puis l'Ardennais, préféré pour les travaux agricoles, va lui faire de l'ombre. Et pour finir, la Seconde Guerre Mondiale, de 1939 à 1945, et la généralisation de la mécanisation, vont avoir des conséquences catastrophiques sur la race.
Tant et si bien, que dans les années 1970, sa situation va être critique et son seul débouché sera, comme les autres races de trait en France, de servir d'animal pour la boucherie. Afin de préserver le capital génétique de la race, qui a fortement été modifiée pour convenir à la production de viande, un plan de sauvegarde est mis en place en 1980 par la « Société hippique Percheronne » et les quelques 800 éleveurs encore en activité.
Grâce à leur travail de sauvegarde, le Percheron va trouver de nouveaux débouchés. Avec un modèle plus affiner, il participer à de nombreux concours d'attelage où il va s'illustrer. De nos jours, il se porte bien, et il est présent dans plusieurs pays du monde, dont certains, comme les États Unis et le Royaume Uni, ont créé un Stud-book. Restant une des races françaises les plus connues, le Percheron est parvenu à traverser les époques pour nous permettre d'admirer un cheval noble, souvent surnommé l'« Arabe gigantesque ».