Appartenant au groupe des poneys de montagne, le Pindos est une race dont les origines sont au centre d'un désaccord. D'une part, il est décrit comme étant issu du Thessalien avec un apport probable de chevaux orientaux. Et d'autre part, qu'il aurait été influencé par les chevaux du Péloponnèse, comme ceux élevé dans l'Arcadie et dans l'Épidaure.

Quoiqu'il en soit, le Pindos a, sans aucun doute, été forgé par l'environnement montagneux de Thessalie et d'Épire, où le climat rude a contribué à sa résistance et la végétation pauvre, à sa frugalité.

Proche du Pénée, une autre race de la Grèce, le Pindos est considéré comme une race à part entière, mais la plupart des individus ont subit des croisements qui ont modifié leurs caractéristiques générales.

Existant depuis les années 1960, la race dispose d'un Stud-book qui a été établi en 2002. Un an plus tard, le Pindos est reconnu comme en danger d'extinction, pour cette raison des mesures de conservation vont être mises en place de 1998 jusqu'à 2011.