Descendant des chevaux amenés par les premiers colons de l'île en provenance des îles britanniques, le Poney de Terre Neuve est issu de l'Exmoor, du Dartmoor, du New Forest et, dans une moindre mesure, du Welsh Mountain, du Galloway, aujourd'hui disparu, du Highland et du Connemara. Isolés pendant longtemps du reste du monde, il a évolué loin des interactions extérieures et a été forgé par l'environnement difficile de l'île de Terre Neuve.

Utilisé par la population locale dans de nombreux travaux, comme l'agriculture, le traction des filets de pêche et le ramassage du foin, le Poney de Terre Neuve était également le moyen de transport privilégié pour les cérémonies de mariage, où il tractait la calèche qui emmenait les mariés à l'église.

Comme beaucoup d'autres races, le Poney de Terre Neuve a beaucoup souffert lors de la généralisation de la mécanisation dans les années 1970 et 1980, car il a été remplacé par des tracteurs et des véhicules motorisés. L'adoption de la loi contre les animaux errants, n'a rien arrangé, car au lieu de pouvoir laisser les poneys pâturer librement sur les terres, les éleveurs ont dû mettre en place des clôtures, et ainsi, ont perdu le droit d'utiliser communément les terres disponibles.

Devenant trop cher à entretenir, la majorité des propriétaires ont donc été contraint de céder leurs poneys à des marchands qui les vendaient aux abattoirs présents sur le continent. Selon les archives, seulement pour l'année 1980, plus de 700 individus ont connus ce sort.

Il devenait donc urgent de protéger la race qui déclinait dangereusement. C'est pour cette raison que les administrés de l'île de Terre Neuve ont mis en place des mesures qui ont abouties à la reconnaissance du Poney de Terre Neuve comme faisant partie du patrimoine.

De nos jours, parmi les quelques 500 sujets restants, une grande partie sont des juments âgées ou des hongres, qui ne conviennent donc pas à la reproduction. Grâce aux efforts déployés autour de lui, un peu partout sur le territoire canadien, l'effectif a pu être stabilisé. Toutefois, le Poney de Terre Neuve continue d'être considéré comme une espèce en danger critique d'extinction.