Fruit de la sélection des peuples Ojibway du Minnesota et de l'Oregon situés aux États Unis, et du peuple Mohawk, d'Ontario situé au Canada, habitant au XIXème siècle les rives du lac La Croix, d'où il tire son nom, le Poney Indien du Lac la Croix est probablement issu du croisement entre le Canadien et le Mustang Espagnol. Le modèle d'aujourd'hui est le résultat de la sélection naturelle de l'environnement parfois difficile dans lequel il est élevé.

Considéré comme éteint durant plusieurs dizaines d'années, la race va être retrouvée, en 1977, par Fred Isham, qui va remarquer un groupe de poney aux alentours des bois environnant du Lac La Croix. Véritable survivant, qui a longtemps été l'objet d'abattages, la harde va être recueilli par ce dernier qui va les emmener aux États Unis suite à la mort du dernier étalon. Pour empêcher l'extinction du Poney Indien du Lac la Croix, il va effectuer des croisements entres les juments rescapées et un étalon ibérique.

Désormais protégé, la race bénéficiera en 1993 de l'aide de la Rare Breeds Canada, qui va financer le retour de la race sur le territoire canadien, en rachetant une dizaine d'individus, en sélectionnant les moins influencés par les derniers croisements effectués aux États Unis. Grâce à son intervention, le Poney Indien du Lac la Croix va voir son effectif augmenter pour arriver à 185 sujets en 2017.