L'histoire du Poney Namaqua commence avec l'arrivée des premiers colons hollandais de la Compagnie des Indes orientales (VOC) au Cap de Bonne-Espérance en 1652. Ces colons ont introduit des chevaux en provenance de Java, qui étaient eux-mêmes un mélange de sang Perse et Arabe.

Ces chevaux, connus plus tard sous le nom de « Chevaux du Cap » (Cape Horses), ont constitué le socle génétique de toutes les races sud-africaines, y compris le célèbre Basuto et le Boerperd.

Au cours du XVIIIe siècle, des groupes de colons (Trekboers) et de populations autochtones Khoikhoi (dont les Nama) ont commencé à migrer vers le nord, emmenant ces chevaux avec eux.

Les Nama, un peuple nomade pastoral, ont rapidement adopté le cheval, l'intégrant totalement à leur culture. En s'installant dans les plaines arides et les montagnes rocailleuses du Namaqualand, ces chevaux ont subi une pression de sélection naturelle impitoyable.

Seuls les individus capables de survivre avec très peu d'eau et une végétation désertique épineuse ont survécu, donnant naissance au type « Namaqua ».

Au XIXe siècle, le Poney Namaqua était devenu le compagnon indispensable à la survie dans le désert.

Résistance aux prédateurs : Vivant en semi-liberté, ces poneys ont développé un instinct de survie très aiguisé face aux lions et léopards.

Conflits frontaliers : Lors des guerres frontalières et des escarmouches dans le Territoire du Nord, l'agilité du Namaqua sur les terrains escarpés en faisait une monture de reconnaissance supérieure aux chevaux plus grands et plus lourds importés d'Europe.

Il était alors décrit comme un petit cheval (environ 1,40 m), doté d'une endurance incroyable, capable de galoper sur des distances impressionnantes sous une chaleur écrasante.

La mécanisation : L'arrivée des véhicules tout-terrain a réduit le besoin de chevaux de bât dans le désert.

L'absorption : De nombreux poneys Namaqua ont été croisés avec des Pur-sang, des Arabes ou des Boerperds pour augmenter leur taille, diluant ainsi les caractéristiques uniques de rusticité de la race d'origine.

Les sécheresses extrêmes : Plusieurs vagues de sécheresse dévastatrices ont décimé les hardes de poneys qui vivaient en liberté dans le Namaqualand.

À la fin du XXe siècle, on craignait que le Poney Namaqua n'ait totalement disparu, absorbé dans la population générale des chevaux de ferme. Cependant, des recherches menées par des historiens et des passionnés de la biodiversité sud-africaine ont permis d'identifier quelques petites poches de poneys dans des zones reculées du Namaqualand présentant encore les traits archaïques de la race.