L'histoire du Poney Nefza se confond avec celle du cheval Barbe, la race emblématique du Maghreb. Ses ancêtres sont les chevaux numides qui ont fait la renommée de la cavalerie légère carthaginoise et berbère dans l'Antiquité.

Cependant, alors que le Barbe classique se développait dans les plaines et les plateaux, le poney Nefza est le fruit d'une sélection naturelle opérée dans un environnement très spécifique : les montagnes de la Kroumirie et les collines des Mogods. Dans ces zones de forêts denses et de maquis méditerranéen, un cheval de grande taille aurait eu des difficultés à se déplacer et à se nourrir.

Au fil des siècles, la race a naturellement diminué en taille pour devenir un poney agile et économe.

Le poney tire son nom de la tribu des Nefza, qui habitait ces régions boisées. Pendant des siècles, il a été le pilier de l'économie rurale du nord de la Tunisie. Contrairement aux chevaux de prestige des plaines, le Nefza était une monture utilitaire :

Il servait au transport des personnes et des marchandises sur les sentiers escarpés inaccessibles aux chariots.

Il était utilisé pour le transport du bois et des produits de la terre dans les zones de forêt.

Sa robustesse lui permettait de survivre avec une alimentation pauvre, composée principalement de pâturages de maquis.

Durant le protectorat français en Tunisie (1881-1956), les officiers et vétérinaires français ont commencé à s'intéresser à ce poney. Ils furent impressionnés par sa résistance incroyable et son « pied sûr » dans les montagnes.

Des tentatives de recensement ont eu lieu, et certains poneys ont été utilisés pour l'équitation des enfants ou comme montures de bât pour les troupes circulant dans les reliefs difficiles de la Kroumirie.

Cependant, la race est restée largement dans l'ombre du cheval Barbe, qui recevait toute l'attention des haras nationaux pour les besoins de l'armée et des courses.

La seconde moitié du XXe siècle a marqué un tournant tragique pour l'histoire de la race. Plusieurs facteurs ont mené à son déclin :

La mécanisation : L'arrivée des véhicules tout-terrain et l'amélioration des routes de montagne ont rendu son rôle de transporteur obsolète.

Les croisements : Pour tenter d'augmenter sa taille ou ses performances, de nombreux propriétaires ont croisé le Nefza avec des chevaux Barbes plus grands ou des Arabes, diluant ainsi le patrimoine génétique original.

L'exode rural : Le départ des populations jeunes vers les villes a entraîné l'abandon de l'élevage traditionnel.

À la fin du XXe siècle et au début du XXIe, le Poney Nefza était considéré comme une race en danger critique d'extinction. Ce n'est que récemment que les autorités tunisiennes, notamment à travers l'Office National de l'Élevage et des Pâturages (OEP) et la Fondation Nationale d'Amélioration de la Race Chevaline (FNARC), ont pris conscience de l'importance de ce patrimoine.

Des efforts ont été entrepris pour identifier les derniers noyaux de poneys purs dans les montagnes des Mogods afin de créer un programme de conservation.