Descendant probable des petits chevaux qui vivaient dans le Sud Ouest de l'Europe, il y a environ un million d'années, le Pottok, qui est souvent considéré, à tort, comme apparenté au Cheval de Przewalski et au Tarpan, est, en fait, directement rattaché aux races dites « Cantabriques-pyrénéennes » dans lesquelles sont incluses le Garrano, l'Asturcón, le Jaca Navarra et le Mérens.

Pour échapper aux chasseurs, ses ancêtres ont choisi de se réfugier dans les montagnes des Pyrénées et se sont adaptés à ce climat très rude, surtout lors des dernières glaciations du quaternaire.

Le bon sens des Basques, qui ont choisi de ne pas le chasser, mais plutôt de l'utiliser quand le besoin s'en faisait sentir, notamment dans le travail des champs, a permis à la race de perdurer. Mais cela ne durera pas, car au cours du XIXème siècle, le Pottok s'est révélé parfait pour le travail dans les mines de charbon, du fait de sa taille, de sa rusticité et de sa force, et une partie du cheptel a été dispersé dans diverses régions de France.

Ensuite, les premières sélections se sont mises en place, les individus portant une robe sombre, donc les plus pures, ont continué à travailler dans les mines, tandis que ceux portant une robe pie se sont révélé très attrayant pour l'équitation des jeunes cavaliers et le cirque.

De nos jours, on distingue deux types, le « Pottok de montagne » qui est élevé en semi-liberté dans les montagnes et livré à lui même, et le « Pottok de prairie » ou « Pottok de sport » qui bénéficie de plus de soins, ce qui lui permet d'avoir plus de taille et de musculature. Si ce dernier à un effectif plutôt stable, le « Pottok de montagne » de type originel est considéré comme « en voie de disparition ».