La Préfecture de Nagasaki abrite la Cathédrale d'Urakami, une cathédrale catholique romaine, le Quartier chinois Shinchi, une rue commerçante, le Mont Inasa, une colline à l'ouest culminant à 333 mètres d'altitude et le Château Hirado, l'ancien siège du clan Matsurale.

Le territoire s'étale sur 4130 kilomètres carrés, pour une population de 1314078 habitants, selon le recensement de l'année 2020. Nagasaki, son chef lieu, est à une distance, à vol d'oiseau, de 959 kilomètres de Tokyo, la capitale du pays.

Cette préfecture, située au sud ouest du Japon en Asie de l'Est, est liée à l'élevage du Taishu.