La Préfecture de Shkodër, préfecture qui a une altitude maximum de 2694 mètres au dessus du niveau de la mer, abrite une grande variété de décors topographiques et de paysages naturels, comme les Alpes albanaises, s'étendant au nord vers le Monténégro, et des bassins sédimentaires, dont celui de Mbishkodra au centre.
Le territoire s'étale sur 3562 kilomètres carrés, pour une population de 200007 habitants, selon le recensement de l'année 2020. Le climat est méditerranéen, selon la classification de Koppen, fondée sur les précipitations et les températures. Shkodër, son chef lieu, est à une distance, à vol d'oiseau, de 86 kilomètres de Tirana, la capitale du pays.