Les racines du cheval de Rila remontent à l'Antiquité. Il descend des anciens chevaux des Thraces, peuple cavalier qui occupait la région bien avant l'ère chrétienne. Ces chevaux primitifs étaient de petite taille, extrêmement robustes et adaptés aux terrains escarpés.

Au cours des siècles, ce socle génétique a été influencé par les migrations des peuples cavaliers d'Asie centrale (Protobulgares) et, plus tard, par les apports de chevaux de type Oriental durant l'occupation ottomane. Cependant, l'isolement géographique des vallées de Rila a permis de préserver un type morphologique distinct, moins influencé par les croisements étrangers que les chevaux des plaines.

Historiquement, le cheval de Rila n'était pas un animal de prestige, mais un outil de survie indispensable pour les communautés montagnardes bulgares.

Transport et Logistique : Durant des siècles, il fut le seul moyen de transporter le bois, les denrées alimentaires et les marchandises à travers les cols enneigés de Rila (dont le sommet, le Mousala, est le point culminant des Balkans).

Utilisation Monastique : La race est étroitement liée à l'histoire du célèbre Monastère de Rila (fondé au Xe siècle). Les moines utilisaient ces chevaux pour l'entretien de leurs vastes domaines forestiers et pour le transport des pèlerins, renforçant ainsi la sélection de chevaux au pied sûr et au tempérament calme.

Au XXe siècle, la Bulgarie a entrepris de moderniser son élevage équin. Sous l'ère socialiste, des haras d'État ont tenté d'améliorer les races locales. Le cheval de Rila a alors été officiellement reconnu comme l'une des trois grandes variétés de chevaux de montagne bulgares (avec les types des Rhodopes et du Grand Balkan).

À cette époque, des efforts ont été faits pour augmenter légèrement sa taille par des croisements contrôlés avec des chevaux arabes ou des chevaux de trait légers, afin d'accroître sa capacité de traction pour l'industrie forestière en plein essor. Malgré cela, le noyau dur de la race est resté fidèle à son modèle de poney de montagne rustique.

Avec la chute du régime communiste et la mécanisation rapide des zones rurales, le cheval de Rila a connu un déclin dramatique. Les effectifs ont chuté, et la race a failli être absorbée par des croisements anarchiques.

Toutefois, les deux dernières décennies ont marqué un renouveau. La Bulgarie, consciente de la valeur de sa biodiversité domestique, a classé le cheval de Rila parmi ses ressources génétiques protégées.

Aujourd'hui, son histoire se poursuit grâce à des éleveurs traditionnels et des programmes de conservation qui visent à préserver ce cheval, non plus seulement pour le travail, mais comme un symbole vivant du patrimoine culturel et écologique de la Bulgarie.