La Rivière Lonja coule de la montagne Kalnik dans le nord, vers le l'ouest jusqu'à tourner au sud près de Breznicki Hum, passant à l'est de Sveti Ivan Zelina et tournant au sud est près de Sveta Helena, puis par le Parc Naturel Lonjsko Polje.
Son bassin s'étale sur 4259 kilomètres carrés repartis sur environ 49 kilomètres de long.