Le nom de la race provient directement du bois de santal (Santalum album), qui était la principale ressource d'exportation de l'île de Sumba vers la Chine, l'Inde, puis l'Europe. Dès le Moyen Âge, les chevaux étaient utilisés pour transporter les précieuses cargaisons de bois des forêts intérieures vers les ports côtiers.

Bien que des chevaux locaux de type « sud-est asiatique » (apparentés aux poneys chinois et mongols) fussent présents depuis des siècles, le Sandalwood moderne est le résultat de croisements sélectifs. Dès le XVIIIe siècle, des marchands arabes et des colonisateurs hollandais ont introduit des étalons Arabes et, plus tard, des Pur-sang Anglais.

Ces apports extérieurs ont conféré au poney local une élégance et une finesse qui le distinguent radicalement des autres races indonésiennes.

Au XIXe siècle, l'île de Sumba est devenue le plus grand centre d'élevage et d'exportation de chevaux de toute l'Asie du Sud-Est. Le poney Sandalwood était très recherché par les armées coloniales britanniques et hollandaises, ainsi que par les riches commerçants de Singapour et de Java, pour ses qualités de vitesse et d'endurance.

Les chevaux étaient vendus par milliers chaque année. Cette activité commerciale intense a permis aux chefs de tribus locaux (les Rajas) de s'enrichir, consolidant le cheval comme symbole ultime de pouvoir et de richesse dans la culture sumbanaise.

L'histoire du Sandalwood ne peut être dissociée du Pasola, un festival rituel ancestral propre à l'ouest de Sumba. Il s'agit d'un jeu de guerre traditionnel où des centaines de cavaliers s'affrontent en lançant des javelots en bois (hola) tout en galopant.

Historiquement, le cheval Sandalwood a été sélectionné pour sa bravoure, son agilité et sa capacité à répondre instantanément aux commandes lors de ces mêlées furieuses. Dans la cosmologie locale, le cheval est considéré comme un pont entre le monde des vivants et celui des ancêtres (Marapu). Le sang versé lors du Pasola était censé fertiliser la terre pour les récoltes à venir.

Avec le déclin de l'utilisation utilitaire des chevaux au XXe siècle, le Sandalwood s'est reconverti avec succès dans les courses hippiques. Sa morphologie athlétique en a fait le poney de course le plus rapide d'Indonésie. Sur l'île de Sumba, les courses sont restées un événement social majeur, attirant des milliers de spectateurs.

Cependant, cette spécialisation a conduit à de nouveaux croisements avec des Pur-sang australiens pour augmenter encore la taille et la vitesse, menaçant parfois le type original plus rustique du Sandalwood.

Aujourd'hui, le Sandalwood est reconnu comme un trésor national indonésien. Si la motorisation a réduit son rôle dans le transport quotidien, il demeure omniprésent dans la vie culturelle de Sumba. Il est utilisé lors des mariages (comme dot), des funérailles et bien sûr lors du festival Pasola, qui attire désormais des visiteurs du monde entier.