Bien que la présence de chevaux sauvages en Sardaigne remonte à l'Antiquité, le Sarcidano possède une identité propre forgée durant la domination espagnole de l'île. Des études génétiques et morphologiques suggèrent que ses ancêtres directs sont les chevaux de Pure Race Espagnole (PRE) introduits par les Aragonais et les Espagnols entre le XVe et le XVIIe siècle.

Contrairement au cheval de la Giara (son voisin sarde plus célèbre), le Sarcidano a conservé des traits archaïques typiques des chevaux ibériques de la Renaissance. Son isolement sur le plateau escarpé du Sarcidano a permis de maintenir ces caractéristiques génétiques presque intactes, à l'abri des croisements massifs avec des chevaux arabes ou anglo-arabes.

Pendant des siècles, cette population équine a vécu en liberté sur les terres communales de la commune de Laconi. Ces chevaux étaient utilisés par les populations locales pour des travaux agricoles légers ou le dépiquage du grain, mais la majorité du troupeau restait sauvage, régulée uniquement par la sélection naturelle et le climat rude du plateau.

Cette existence en autarcie a fixé des particularités anatomiques fascinantes. Par exemple, certains spécimens possèdent une septième vertèbre lombaire ou des dents prémolaires surnuméraires (dites « dents de loup »), des caractéristiques que l'on retrouve chez certaines lignées primitives ou ibériques anciennes.

Au cours du XXe siècle, la mécanisation de l'agriculture et le manque de gestion ont failli provoquer l'extinction de la race. Le troupeau s'est réduit à quelques dizaines d'individus, souvent confondus avec de simples poneys sauvages.

Le tournant décisif a lieu dans les années 1990. La famille Tocco, qui possédait une partie du troupeau, et la municipalité de Laconi ont pris conscience de la valeur patrimoniale unique de ces animaux.

En 1999, la commune de Laconi a racheté les derniers spécimens à la famille Tocco pour les transférer dans la forêt domaniale de Funtanamela. Ce geste a marqué le début officiel du programme de conservation de la race.

En 2003, le Sarcidano a été officiellement reconnu par le ministère italien des Politiques agricoles comme une race à part entière, avec son propre registre généalogique.

Des études menées par l'Université de Sassari ont confirmé que le Sarcidano est génétiquement distinct des autres populations équines de Sardaigne. Il n'est pas un poney, mais bien un « petit cheval » dont le patrimoine génétique est plus proche des chevaux andalous du XVIe siècle que de n'importe quelle autre race moderne, faisant de lui une archive biologique vivante.