Issue de deux races développées par le comte Alexeï Orlov, au Haras de Khrenov et par le comte et écuyer Andreï Fedorovitch Rostopchin, au Haras de Voronovo, puis celui de Annenkovo à partir de 1815, ainsi que de nombreux croisements, le Selle Russe a une histoire complexe, car elle repose sur des « renaissances » de l'Orlov-Rostopchin, mais aussi sur des lignées du Selle Ukrainien, qui a absorbé la race durant une courte période.
Le Selle Russe, qui est encore majoritairement nommé « Orlov-Rostopchin », revient de loin, si l'on considère les différentes étapes de son développement. Tout commence en 1845, avec la nationalisation par le gouvernement des haras de l'Orlov et du Rostopchin. Si au début, les deux races vont évoluer de manière distincte, elles vont finir par être croisées et s'appeler « Orlov Rostopchin », nom tirer de leurs créateurs.
Mais la Première Guerre Mondiale, de 1914 à 1918, va provoquer un déclin tel, que la race va être au bord de l'extinction. L'incendie qu'à volontairement provoqué le comte Rostopchine, le 14 septembre 1812, pour ne pas laisser ses biens, et son haras, aux mains de Napoléon, a aggraver encore un peu plus la situation.
C'est à l'initiative de Semion Mikhaïlovitch Boudienny, qui est par ailleurs le créateur de la race « Boudienny », qu'une restauration de l'Orlov Rostopchin va être tentée en 1931, en récupérant des sujets, plus ou moins purs, qu'il va regrouper au Haras de Limarev, pour ensuite les transférer au Haras de Derkul en 1933. Au fil du temps, les marques laissées par les autres races seront éliminées et le fruit de ce travail va être nommé « Selle Russe ».
Mais le Selle Russe peine à se faire une place. En effet, dans les années 1950, des croisements avec le Trakehner, l'Anglo Hongrois, l'Arabe et le Pur Sang, puis avec l'Akhal Téké, vont être mis en place. Ensuite, la race, élevée au Haras de Derkul, va prendre le nom de Selle Ukrainien.
C'est à partir de 1978, que le Selle Russe va être restauré à la demande de l'Institut d'élevage de l'Union Soviétique, au moyen d'une sélection sur des lignées du Selle Ukrainien qui ont gardé des gènes de l'Orlov Rostopchin originel. Ces derniers vont être envoyés au Haras d'État de Starojilovski, où ils vont être croisés avec le Trakehner, le Pur Sang, l'Akhal Téké et le Trotteur Orlov. L'objectif de l'élevage était de développer un Selle Russe avec les mêmes aptitudes que l'Orlov Rostopchin.
Malgré tous les efforts déployés, le Selle Russe à beaucoup de mal à obtenir la reconnaissance qu'il mérite, que cela soit à l'étranger, ou dans son pays natal. Tant et si bien, que la race est considérée comme étant en danger critique d'extinction.