Les racines de la race remontent au milieu du XVIIe siècle. Après la paix de Roskilde en 1658, le roi Karl X Gustav de Suède fonde le Haras royal de Flyinge (Scanie). L'objectif initial était de produire des chevaux puissants et élégants pour la cour et l'armée.

À cette époque, la base génétique était constituée de juments locales croisées avec des étalons importés de prestige : des chevaux espagnols (Genêts d'Espagne), des Andalous, des Frisons et des chevaux orientaux (Arabes et Barbes). Ce mélange a jeté les bases d'un cheval doté d'une grande noblesse et d'un tempérament stable.

Au XIXe siècle, les besoins changent. L'armée suédoise a besoin de chevaux plus légers, plus rapides et plus endurants pour la cavalerie. Pour répondre à cette demande, le haras de Flyinge et les éleveurs privés commencent à importer massivement :

Des Pur-sang Anglais pour apporter de la vitesse et de la finesse.

Des Trakehners et des Hanovriens (d'Allemagne) pour améliorer la structure et les aptitudes au travail.

C’est durant cette période que le Selle Suédois commence à acquérir sa morphologie caractéristique : un cheval solide, polyvalent, doté d'allures exceptionnelles. En 1874, le gouvernement suédois instaure un système d'inspection et d'enregistrement rigoureux, jetant les bases du stud-book officiel.

Le début du XXe siècle marque la transition entre l'usage militaire et la compétition sportive. En 1928, l’Association suédoise pour l'élevage de chevaux de sang (ASVH, aujourd'hui SWB) est créée pour structurer l'élevage national.

La Suède s'est rapidement imposée comme une nation dominante dans les disciplines olympiques. Dès les Jeux Olympiques de 1912 à Stockholm, puis durant les décennies suivantes, les chevaux de selle suédois ont brillé, particulièrement en Dressage, où leur tempérament calme et leurs allures fluides faisaient merveille.

Après 1945, la mécanisation de l'armée a forcé une réorientation totale de l'élevage. Les éleveurs suédois ont alors appliqué des méthodes de sélection scientifique parmi les plus rigoureuses au monde.

L'introduction de tests de performance pour les jeunes chevaux et les étalons (le fameux Bruksprov) a permis de ne conserver que les individus ayant les meilleures aptitudes au saut et au dressage, tout en maintenant une santé robuste.

Des étalons fondateurs comme Gaspari (dressage) et plus tard Urbino ont mondialisé la réputation de la race, montrant que le Selle Suédois n'était plus seulement un cheval national, mais un compétiteur global.

Au XXIe siècle, le Selle Suédois est synonyme de régularité au plus haut niveau. Grâce à une base de données génétiques très avancée et à une sélection qui privilégie autant le mental que le physique, il est devenu l'une des races préférées des cavaliers olympiques.