Initialement de type ibérique, oriental et également Napolitain, le Selle Tchèque, ou « Ceský teplokrevník » en tchèque, avait, un Stud-book commun avec le Selle Slovaque jusqu'en 1993, année au cours de laquelle l'éclatement de la Tchécoslovaquie va provoquer leur séparation. Des croisements après la Première Guerre Mondiale, qui a eu lieu de 1914 à 1918, vont être mis en place entre des juments de la race Pur Sang avec l'Oldenbourg et le Frison Oriental, ce qui va permettre d'obtenir un cheval apte aux travaux agricoles. Ceux qui ont eu lieu avec le Pur Sang au XXème siècle, n'ayant pas été retenu du fait du modèle obtenu, jugé trop léger.

C'est dans les années 1960, que le modèle connu aujourd'hui va faire son apparition, quand les chevaux locaux, constitué notamment du Nonius, du Gidran et de l'Arabe Shagya, vont être croisé avec des races européennes, dont l'Oldenbourg, le Hanovrien, le Pur Sang. Le Stud-book verra le jour en 1995, et absorbera ensuite le Kinsky, qui va finir par se désolidariser en 2005, avec la création de son propre registre.

Représentant presque un tiers du cheptel du territoire, le Selle Tchèque est une race qui n'est pas menacée d'extinction selon l'étude publiée en 2010, et son effectif de 2018 a tendance à confirmer que la race se porte bien avec plus 17000 individus recensés.

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