Considéré par certains comme l'une des plus anciennes races d'Allemagne, le Senner possède des origines obscures. Il serait le descendant des chevaux sauvage qui vivaient dans la lande de Senne et ceux de la forêt de Teutberg. Mentionné pour la première fois en 1160 et décrit en 1493, la race sera élevée en Rhénanie du Nord Westphalie, tout d'abord aux environs de Detmold, puis, à partir de 1680, à Lopshorn.

C'est à partir de la fin du XVIIème siècle que le Senner va être croisé avec l'Arabe, période durant laquelle le Stub-Book sera fondé en 1713. Au XVIIIème siècle, il sera croisé avec le Pur Sang et l'Anglo Arabe, ce qui modifie le modèle originel. Sur les quatre lignées qui existaient auparavant, une seule à subsisté, cette dernière remontant à 1725. Le dernier croisement interviendra après la Première Guerre Mondiale, qui a eu lieu de 1914 à 1918, lors de l'introduction de chevaux ibériques sur le lieu d'élevage du Senner.

Comme de nombreuses autres races, le Senner à beaucoup souffert des conséquences de la Seconde Guerre Mondiale, de 1939 à 1945, où il a bien failli disparaître définitivement. La fermeture du haras de Lopshorn en 1935, va aggraver la situation, puisque le cheptel va être éparpillé chez des éleveurs privés. L'intervention d'une passionnée, Julie Marie Immink, qui va racheter des chevaux pour les élevé dans le Haras de Lopshorn, ne va rien changer, puisque ce dernier va être totalement dissout en 1946.

Race particulièrement rare et précieuse, le Senner est en danger critique d'extinction. Pour préserver la race, une association, la « Zuchtverband für Senner Pferde e.V. », est officiellement reconnue en 2006 et des aides sont accordées depuis 2015. La menace qui pèse sur la race est réelle, puisqu'il ne reste plus qu'une petite poignée de sujets.