L'histoire du cheval Sistani plonge ses racines dans la mythologie perse. La région du Sistan est le berceau du héros national Rostam, protagoniste du Livre des Rois (Shahnameh). Selon la légende, son célèbre cheval Rakhsh, décrit comme une monture d'une force et d'une intelligence surnaturelles, était originaire des plaines du Sistan.

Au-delà de la légende, les recherches archéologiques dans la zone de Shahr-e Sukhteh (la « Ville Brûlée ») suggèrent que les équidés étaient déjà présents et utilisés par les populations locales il y a plus de 5 000 ans, faisant du Sistani l'héritier d'une lignée de travail et de guerre millénaire.

Le tournant majeur de l'histoire de la race est son adaptation à l'écosystème unique du Lac Hamun. Contrairement aux autres chevaux iraniens (comme le Turkmène ou l'Arabe Persan) qui ont évolué dans des steppes ou des déserts, le Sistani a été façonné par un environnement de zones humides et de marécages.

Au cours des siècles, les éleveurs locaux ont sélectionné des animaux capables d'évoluer dans l'eau et sur des sols meubles. Cette sélection environnementale a donné naissance à un cheval morphologiquement distinct, doté d'une force de traction supérieure pour naviguer dans les roselières et transporter des charges sur des terrains où d'autres chevaux s'enliseraient.

Pendant les périodes Safavide et Qajar, le cheval Sistani a joué un rôle crucial dans le commerce et la défense des frontières orientales de l'Empire perse.

Transport : Il était le principal moyen de liaison entre le plateau iranien et le sous-continent indien, capable de supporter les variations extrêmes de température du désert du Lout tout en traversant les zones inondables du Sistan.

Cavalerie : Les tribus locales, réputées pour leur habileté équestre, utilisaient ces chevaux pour des tactiques de guérilla. Sa robustesse et son endurance en faisaient une monture redoutable pour les patrouilles frontalières.

L'histoire moderne du cheval Sistani est marquée par une tragédie écologique. À partir des années 1990, l'assèchement progressif du lac Hamun (dû aux barrages et aux sécheresses prolongées) a détruit l'habitat naturel de la race.

Avec la disparition des pâturages aquatiques, l'élevage traditionnel a périclité.

De nombreux chevaux ont été vendus ou croisés avec d'autres races, menaçant la pureté de la lignée Sistani originale.

Ces dernières années, un regain d'intérêt historique et scientifique a vu le jour en Iran. Des chercheurs de l'Université de Zabol et d'autres institutions ont entrepris des études génomiques pour prouver la distinction du Sistani par rapport aux autres races iraniennes.

La race est désormais reconnue comme un patrimoine génétique national irremplaçable, et des programmes de conservation tentent de préserver les derniers spécimens « purs » de cette lignée historique.