L'histoire du poney de Skyros est indissociable de la Grèce antique. Bien que son origine exacte soit débattue, il est largement admis que ses ancêtres ont été amenés sur l'île par des colons athéniens au Ve siècle avant J.-C.

Les historiens et zootechniciens notent une ressemblance frappante entre la morphologie du Skyros et les chevaux représentés sur les frises du Parthénon (les marbres d'Elgin). Sa petite taille, sa tête expressive et son encolure puissante suggèrent qu'il est le descendant direct des chevaux utilisés par la cavalerie grecque antique, préservé par l'isolement insulaire alors que les races continentales évoluaient par croisements.

Au fil des siècles, le poney de Skyros a développé un mode de vie semi-sauvage dicté par le relief escarpé et le climat de l'île. L'histoire de la race est marquée par un cycle saisonnier traditionnel appelé la « Mournies » :

En hiver : Les poneys vivaient en totale liberté dans les montagnes du sud de l'île (le Mont Kochila), une zone aride et rocheuse. La sélection naturelle y a été impitoyable, ne laissant survivre que les individus les plus rustiques, capables de se nourrir de végétation pauvre.

En été : Les agriculteurs récupéraient les chevaux pour les travaux des champs, principalement pour le battage des céréales (aloni).

Jusqu'au milieu du XXe siècle, le poney était le pilier de la vie sociale et économique de Skyros. Chaque famille possédait son poney, utilisé non seulement pour l'agriculture mais aussi pour le transport et les courses traditionnelles lors des festivals.

La race n'était pas perçue comme un animal de compagnie, mais comme un partenaire de travail robuste dont la force de caractère compensait la petite taille.

L'histoire moderne du Skyros a failli se terminer tragiquement. Plusieurs facteurs ont mené la race au bord de l'extinction totale :

La mécanisation : L'arrivée des tracteurs a rendu le travail des poneys obsolète.

La pression pastorale : L'introduction massive de chèvres et de moutons sur les zones de pâturage traditionnelles des poneys a réduit leurs ressources alimentaires.

L'exode rural : La jeunesse quittant l'île, les traditions d'élevage ont périclité.

Dans les années 1970, la population a chuté de manière critique, ne comptant plus que quelques dizaines d'individus fertiles.

À partir des années 1990, une prise de conscience internationale a permis de lancer des programmes de sauvegarde.

Reconnaissance officielle : L'État grec a officiellement reconnu le Skyros comme race protégée.

Conservation scientifique : Des organisations comme le Skyros Island Horse Trust et des programmes universitaires ont mis en place un Stud-book rigoureux pour éviter la consanguinité.

Essaimage : Pour garantir la survie de la race en cas d'épidémie sur l'île, de petits groupes de reproduction ont été établis en Grèce continentale et à Corfou.