On estime qu'il reste environ 300 à 400 individus dans le monde. La majorité se trouve sur l'île de Skyros, protégée par des associations comme le Skyros Island Horse Trust.

Le Skyros est une race endémique de la Grèce. S'il existe quelques petits centres d'élevage sur le continent (près de Thessalonique) et sur l'île de Corfou (le Silva Project), il est quasiment absent hors des frontières grecques. Des efforts internationaux ont été faits pour enregistrer la race et stabiliser sa consanguinité, mais son exportation reste très limitée afin de préserver le noyau reproducteur local.

La principale menace pour l'élevage est la réduction des pâturages naturels sur l'île, concurrencés par l'élevage intensif de chèvres, ainsi que la vulnérabilité génétique due à la petite taille de la population.

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