Situé dans le centre est l'Afrique, le Soudan du Sud héberge la deuxième plus grande migration d'espèces sauvages au monde par l'intermédiaire du Parc National de Bandingilo.
Le territoire se compose de prairies, de plateaux, d'escarpements de haute altitude, de savanes boisées et herbeuses, de plaines inondables et de zones humides.
Son climat est similaire à un climat équatorial ou tropical, qui se caractérise par une saison des pluies à forte humidité et de grandes quantités de précipitations suivies d'une saison plus sèche.