Originaire de la Région de Thessalie, au nord ouest de la Grèce, d'où il tire son nom, le Thessalien, proche du Pindos, est une race indigène aux origines très anciennes et méconnues. Il serait le descendant du cheval de Ferghana, un cheval céleste surnommé « cheval à la sueur de sang », amené dans le pays lors d'un voyage de Philippe II de Macédoine.

Tout comme le Caspien, estimé comme ayant totalement disparu jusqu'en 1965, le Thessalien à été considéré, comme une race éteinte, jusqu'au XXème où des petits individus ont été redécouverts.

Pour répondre à la demande de monture plus grande, le Thessalien va être influencé par des étalons importés comme l'Arabe, l'Anglo Arabe et le Lipizzan, ce qui va lui faire prendre un peu de taille. Il faut attendre 1999, pour que le Stud-book de la race soir créé.

Le Thessalien avait un effectif de plus de 860 individus, selon le recensement, non officiel, de 2017. Toutefois, il reste peu de juments à l'état pure, en, la même année, on en comptait seulement une petite centaine.