Apparu dans le Timor oriental, la plus grande et la plus à l'est des petites îles Lesser Sunda, d'où il tire son nom, le Timor, nommé aussi Kuda Timor en malais, est une race dont les origines restent obscures. Son histoire est intimement liée à celle de son voisin, le Flores. Ces deux races ont été utilisées par les habitants pour le travail du bétail et les tâches de la vie quotidiennes.
Le Timor est entré en croisement pour le développement d'autres races lorsqu'il est arrivé en Australie. C'est le cas pour le Stockhorse Australien, le Brumby, le Poney Australien et le Coffin Bay Brumby, dont il est très proche. D'ailleurs dans le pays, deux organismes sont chargée de gérer la race, il s'agit de l'« Australian Pony Stud-book Society » et de la « Waler Horse Owners and Breeders Association Australia ».
Appartenant au groupe de poney de l'Asie du sud est, le Timor est une race locale qui n'est pas considérée comme étant menacée, car son effectif était, selon l'estimation de 2003, de 20000 individus.