Probablement issu du Mongol, le Tokara, qui est proche du Miyako, n'est pas une race à proprement parler, mais une petite variété insulaire apparentée au Yonaguni et Misaki, qui a été amené à Takarajima de Kikaijima vers 1900.

Apparu il y a des siècles sur les îles Tokara située dans la Préfecture de Kagoshima au sud ouest du Japon, d'où il tire son nom, le Tokara a longtemps été considéré comme éteint, jusqu'en 1952 où une quarantaine de sujets ont été redécouverts.

Autrefois largement employé pour la culture, la traction et le broyage de la canne à sucre, le Tokara va fortement décliner, au cours des années 1960, quand les agriculteurs vont arrêter leur activité et donc priver la race de son utilisation première. Au final, un seul sujet sera comptabilisé en 1974.

Désigné comme trésor naturel de la Préfecture de Kagoshima en 1953, le Tokara a fait l'objet d'une demande de mise en place de mesure de protection en 1995.

Avec le recensement non officiel de 2008, qui laisse apparaître un effectif de seulement 115 individus, la race est considérée comme étant dans une situation critique.

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