Né de la volonté de développé un cheval lourd au milieu du XIXème siècle, le Trait Estonien, nommé « Eesti Raskeveohobune » en Estonie, est une race issue de l'Estonien, une race native du pays, croisée avec l'Ardennais originaire de Belgique, en 1862 et entre 1923 e 1925, puis avec d'autres races, dont le Trait Soviétique, entre 1950 et 1970, le Shire, le Clydesdale et l'Ardennais Suédois en 1913, entre 1923 et 1925, et enfin en 1966.

Initialement formée sur 8 lignées, le Trait Estonien n'en possède plus que quatre au cours de l'année 2004 reposant sur 42 juments actives dans l'élevage.

Placé sous l'égide de la « Eesti Hobusekasvatajate Selts », établie dans le Comté de Pärnu, et gestionnaire du Stud-book de la race créé en 1922 en Estonie, le Trait Estonien est officiellement reconnu comme une race à part entière en 1953. Il est considéré comme étant en danger d'extinction, en effet, le recensement officiel de 2007, indique un effectif total de seulement 100 à 200 individus.