La race est actuellement classée comme « en danger ». Après l'effondrement de l'URSS et la mécanisation totale, les effectifs ont chuté drastiquement. On compte aujourd'hui environ 400 à 500 individus enregistrés.

Le Trait Estonien est extrêmement rare en dehors de ses frontières nationales. On peut trouver quelques spécimens en Finlande ou en Russie du Nord-Ouest en raison de la proximité géographique, mais il reste l'une des races de trait les moins exportées au monde, ce qui en fait un trésor génétique très localisé.

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