Race de chevaux de selle la plus ancienne d'Allemagne, le Trakehner possède des origines qui remontent en 1732, lorsque de Frédéric-Guillaume Ier fonda, dans le village de Trakehnen en Prusse, un élevage destiné à produire des montures militaires.

Le Trakehner est le fruit du croisement entre le Schweiken, une locale, connue depuis le XVIème siècle, dont la puissance et la force, en faisait un excellent candidat, avec l'Arabe et le Pur Sang. La sélection a été particulièrement drastique après la mort de Frédéric II, quand Frédéric-Guillaume II monte sur le trône en 1786 et nomme le centre d'élevage, « Haras principal du royaume de Prusse ». Pour parvenir à améliorer la race près des deux tiers des étalons et un tiers des juments vont être mis sur la touche.

L'appauvrissement du cheptel provoqué par la Seconde Guerre mondiale, sera stoppé à la naissance de « Trakehner Verband » en 1947, qui va permettre de conserver le standard de la race, qui va, à partir de 1960, être en croissance constante.

De nos jours, le Trakehner est géré par la « Trakehner Verband e.V. » et la « Trakehner Förderverein e.V. », qui s'occupent du Stud-book créé en 1732. Considéré comme n'étant pas à risque, la race possède un effectif d'environ 3500 individus en Allemagne, selon de recensement de 2010.